Parafię w Modlinie, wyłonioną z parafii Pomiechowo, erygował 2 lutego 1981 r. bp Bogdan Sikorski. Przez jakiś czas nabożeństwa odprawiały się w zbudowanym baraku, potem przystąpiono do budowy dużego, nowoczesnego kościoła. Prace budowlane ukończono w 1991 r. i przystąpiono do wyposażenia wnętrza. Poświęcenie świątyni odbyło się 3 grudnia 1995 r., podczas nawiedzenia obrazu Jezusa Miłosiernego. Obiekt projektował architekt Michał Trzebuchowski. Ks. Edward Pacek, zbudował również plebanię i zabudowania towarzyszące oraz założył cmentarz grzebalny. Obecnie od czerwca 2013 roku proboszczem jest ks. kan. Andrzej Redmer.